Como su nombre indica, esta amplia Capilla lateral guarda el Sagrario para la visita y adoración de los fieles. El motivo de su construcción se debió al fuerte desnivel que se observaba en ese ángulo y por la necesidad de consolidar la obra después del terremoto de Lisboa (1755). De estilo neoclásico, esta iglesia fue diseñada por Ventura Rodríguez en 1761, aunque la realizó su sobrino Manuel Martín Rodríguez y se inauguró en 1801.

          Dentro del perímetro rectangular se construyó una capilla oval. En el interior se disponen columnas pareadas que sostienen una bellísima bóveda elíptica, decorada con una red de casetones hexagonales, en la que se abren unos lunetos cónicos también elípticos. Entre las columnas que separan los altares corre una espaciosa tribuna, con elegante balcón y bóveda. En el Altar Mayor se encuentra una pintura de la Asunción de la Virgen, obra de Mariano Salvador Maella; los laterales son lienzos de Zacarías González de Velázquez con temas del Martirio de S. Pedro Pascual y la Crucifixión de Cristo.

San Pedro Pascual (obispo de Jaén de 1296 a 1300): Nació en Valencia. Fue discípulo de San Pedro Nolasco. Estudió Filosofía y Teología en la Sorbona de París, doctorándose con compañeros tan insignes como Santo Tomás de Aquino y San Buenaventura. A los 24 años recibió el sacerdocio de manos del Obispo de París. Tras renunciar a la canonjía de Valencia, tomó el hábito de la Orden de la Merced. Fue a Granada a redimir cautivos. El rey don Jaime el Conquistador le encargó formar al Infante Sancho de Aragón. Al morir éste, en una batalla cerca de Torredonjimeno, se dedicó nuevamente a su vocación de redimir cautivos. En 1287 fundó el Convento de la Merced de Jaén. En 1296 fue nombrado Obispo de Jaén. A finales de 1297, de regreso de la visita pastoral, fue capturado por los moros cerca de Jaén. El 6 de diciembre de 1300, después de tres años de duro cautiverio, fue martirizado, mientras celebraba la Misa. A los dos años se trasladó su cuerpo a la Catedral de Baeza. En el año 1670, fue canonizado por el Papa Clemente X.

          Bajo su planta se encuentra la cripta, idéntica a la iglesia y con la misma figura, aunque sin las tribunas y sin detalles decorativos. Se desciende a ella desde la iglesia y recibe su luz por el medio punto, con reja de hierro, que da a la Plaza de San Francisco. Durante un tiempo estuvo abandonada hasta que en 1940 se procede a su limpieza para alojar los restos de los muertos en la Guerra Civil, entre ellos los del Obispo Manuel Basulto, y compañeros mártires, en proceso de beatificación. 

          El conjunto se remata con una balaustrada, en la que se ubican las imágenes de San Miguel, San Pedro y San Pablo en la fachada principal; la Caridad, la Gracia, la Inocencia y la Sabiduría en la que da a la calle Campana; y Melquisedec, Sansón, Isaac y David en la portada que da a la plaza de San Francisco.